Le ministère est organisé en quatre directions techniques (Alimentation, Enseignement et recherche, Politiques agricole, agroalimentaire et des territoires et Pêches maritimes et de l’aquaculture) dont l’action est coordonnée par un Secrétariat Général qui assure la gestion des ressources humaines, les affaires financières, l’organisation des services, l’information et la communication, la statistique agricole et la prospective, les affaires juridiques et pilote la politique de modernisation du ministère.